Basilica Inferiore

 Portale d'ingresso (immagine)  
Ci troviamo di fronte ad un ingresso in stile gotico che per maestosità e finezza prelude le bellezze dell'interno. 
I due accessi sono contornati da colonnine eleganti e slanciate che nella parte superiore curvano sino all'angolo di sesto acuto al di sotto del quale si apre l'eccellente rosone. 

Sull'arco è la scritta: Indulgenza plenaria quotidiana perpetua. 

L'Ingresso

La Basilica Inferiore è a una sola navata, divisa da archi a pieno centro in quattro campate con volte a crociera, fortemente costolonate, che poggiano su corti pilastri semicircolari senza base. 
I bracci del transetto, invece, hanno volte a botte. 
L'ingresso si presenta ampio, ma piuttosto povero di luce. 

All'interno vi sono: la Cappella di Santa Caterina, la Cappella di San Sebastiano, il Mausoleo della Famiglia Cerchi (di Firenze in stile gotico (XIV secolo)), una Tribuna (fatta erigere alla metà del Quattrocento dalla Famiglia Nepis di Assisi; in essa sono scolpite le Bolle Papali che testimoniano l'interessamento notevole che la Chiesa Romana ebbe per questa Basilica),il Mausoleo creduto della Regina Jolanda di Cipro, la Cappella di Sant'Antonio Abate, la Cappella di Sa nta Caterina di Matteo Gattapone da Gubbio (vi fu sepolto il Cardinale Albornoz). 

Navata Centrale

Debito luogo di raccoglimento, sembra conciliare alla perfezione l'incontro spirituale con il Santo; volte a crociera punteggiate di stelle, archi superbamente decorati.
Gli affreschi rimasti sono da attribuire a Giunta Pisano. Sono stati menomati con l'apertura delle cappelle laterali.

Tomba di San Francesco

La cripta è stata scavata due anni dopo la ricognizione del corpo del Santo, nel 1820. 
Fu disegnata dagli architetti Brizi e Belli, ma venne decorata secondo lo stile neoclassico che per nulla si accostava alla linea delle due chiese che erano al di sopra. 

Così nel 1932 la cripta venne riproposta al pubblico (su disegno di Ugo Tarchi) con linee sobrie e nude che protendono verso l'ideale francescano della semplicità. 

Saio e Spoglie di San Francesco

La tomba del Santo è sistemata all'interno del blocco di pietra protetto da una grata di ferro (l'ultima ricognizione è stata effettuata nel gennaio del 1978). 
Ai lati della cripta, protette da inferriate, sono le tombe di quattro discepoli del Santo: Rufino, Angelo, Masseo e Leone. 

Nella tomba è la lampada votiva che arde con l'olio offerto dai Comuni d'Italia. Ogni anno, il 4 ottobre, una regione rinnova il rito dell'offerta dell'olio.